Há hipóteses de conexões da Skull And Bones com a CIA, Illuminati, Bilderbergers e com a Maçonaria. Tais teorias foram a base do filme The Skulls (Sociedade Secreta) que aborda uma sociedade secreta altamente sofisticada, fazendo uma clara alusão a Skull and Bones. A sociedade também foi incluída, assim como o grupo Whiffenpoofs, no filme de 2006 The Good Shepherd (O bom Pastor), sobre as origens da CIA, no qual o personagem principal pertence à Skull and Bones.
Nas eleições presidenciais de 2004 nos Estados Unidos, tanto o candidato democrata quanto o republicano eram membros da sociedade.
George W. Bush assumiu publicamente ser um membro da Skull and Bones, assim como seu adversário na Eleição presidencial dos Estados Unidos da América (2004) John Kerry.
